Varsinais-Suomen ja Satakunnan järvien tila vaihtelee erinomaisesta huonoon, puolet järvistä on hyvässä tai erinomaisessa ekologisessa tilassa. Joet ovat pääosin tyydyttävässä tai välttävässä tilassa. Erinomaiseen tilaan luokiteltuja jokia ei ole lainkaan. Saaristomeren ja Selkämeren rannikkovesien tila on pääosin tyydyttävä. Rannikkovesien tila on heikentynyt edelliseen tilanarvioon verrattuna.
Ekologinen luokittelu perustuu vuosien 2012–2017 seuranta-aineistoihin. Luokittelussa ovat mukana joet, joiden valuma-alue on vähintään 100 neliökilometriä, järvet, joiden pinta-ala on yli 50 hehtaaria, sekä kaikki alueen rannikkovedet.
Valtioneuvosto vahvistaa luokittelun vesienhoitosuunnitelmien yhteydessä vuoden 2021 lopussa. Vesienhoidon tavoitteena on pintavesien hyvä tila viimeistään vuonna 2027.
Järvet paremmassa tilassa kuin joet
Jokia tai niiden osia on luokiteltu Lounais-Suomessa 76 kappaletta. Luokiteltujen jokimuodostumien lukumäärästä 16 % on hyvässä tilassa. Erinomaiseen tilaan luokiteltuja jokia ei ole lainkaan. Huonoon tilaan on luokiteltu erittäin runsasravinteinen Raisionjoki-Ruskonjoki.
Useimmat Lounais-Suomen järvet edustavat hyvää tai tyydyttävää ekologista tilaa. Luokittelussa on ollut 116 järveä, joista puolet on hyvässä tai erinomaisessa tilassa.
Lounais-Suomen suurimman järven, Säkylän Pyhäjärven, vesiensuojelu on ollut pitkään intensiivistä, mutta ekologinen tila on nyt luokiteltu tyydyttäväksi. Järven tila on ollut jo pitkään hyvän ja tyydyttävän rajalla. Ainoa huonoon tilaan luokiteltu järvi on Someron Halkjärvi.
Rannikkovesien tila on heikentynyt
Rannikkovesimuodostumien lukumäärästä 8 % on hyvässä tilassa. Muut ovat tyydyttävässä tai sitä huonommassa tilassa. Erinomaiseksi luokiteltuja rannikkovesimuodostumia ei Varsinais-Suomen ja Satakunnan alueella ole lainkaan.
Heikoimmassa tilassa ovat rannikonläheiset vedet ja sisäsaaristo. Saaristomerellä ei ole enää hyvässä tilassa olevia vesimuodostumia.
Saaristomeren sisäsaariston tila on heikentynyt verrattuna edelliseen luokitukseen, mikä näkyy erityisesti planktonlevien määrää kuvaavan a-klorofyllin sekä ravinnepitoisuuksien kasvuna. Ulkosaaristossa muutokset ovat olleet pieniä.
Voimakasta hajakuormitusta
Alueen pintavesien tilaa heikentää pääasiassa rehevöityminen, joka johtuu liiallisesta ravinnekuormituksesta. Hajakuormitus on voimakkainta Varsinais-Suomen savimaiden jokien valuma-alueilla ja muillakin Lounais-Suomen tehokkaasti viljellyillä savimailla.
Paikallisesti vesien tilaa heikentävät myös turvetuotanto ja kalankasvatus. Jokien tilaa heikentävät lisäksi vanhojen perkausten ja patojen aiheuttamat muutokset.
